西南大学医学研究院2018年成立，系学校直属科研机构。现拥有西南大学附属医院（市九院）、西南大学附属公卫医院、西南大学附属心理医院3家附属医院。旨在促进生命科学基础研究和临床医学学科的交叉与融合，建设国内一流的医学研究和高层次人才培养基地。成立了癌症研究中心、免疫学研究中心、转化药学研究中心及生殖医学研究中心。研究院拥有包括SPF级动物实验室、超净细胞培养室、分子实验室、病理研究室、蛋白质实验室等多个专用实验室。为加强研究院建设，现面向全社会公开招聘高水平层次人才。